《宇宙第二次巨变》的理论根据来自于《统一信息论》及该书的第二版《紫薇星明》。以下是该书的理论简介
宇宙是自在的、纯真的、清澈透明的，本无任何超自然性，一切一切的神奇仅在于人类认知的贫乏及人为的“神化”。
人类认知水平是不断提高增进的，因而宇宙没有绝对不可认知的自在之物，也并没有所谓的无法认知的暗物质、黑洞等，它们只是相对当下的人类认知水平而言的称谓。合理的认识方式及知识体系能够触及到宇宙所有事物的最底层，故合理的认知体系一定是全域统一的完全性大统一理论。但合理的认知体系需人类发展到一定水平时才能建立，特别是当人类认知发展到新文明方式时，宇宙将显得渐渐清澈透明，此时才具备建立完全性大统一理论体系的条件。
就认知总论而言，哲学是人类认知的1.0阶，现代科学是人类认知的1.5阶，统一信息论则是人类认知的2.0阶。本书为《统一信息论》的第二版（2.0版），为宇宙万象的认知总论，知识形态为完全性大统一理论，写作方式以理论物理为主导。此书可谓新物理学，可谓宇宙学，可谓新生命学，可谓新哲学，可谓新人文理论，可谓新宗教理论，但最重要的称谓是认知总论，是典型的完全性大统一理论。
《紫微星明》仍然采用了统一信息论的认知方式和知识体系，但内容更丰满、框架更完善。一如“统一信息论”，该书仍然以信息作为始基构建而成，具备终极理论的典型特征，主要包括信息本原论、极限粒子论、主体程序论三位一体的系统理论。此外还包括“统一信息论时空观”、“统一信息论宇宙观”和“新文明认知方式”3个核心部分。
（1）信息本源论首先论述了信息结构、认识的客观性、客观存在的形成等基本问题，解释了信息（能量子）对于宇宙万物的始基作用。
（2）极限粒子论揭示了作为物质极限单元体的极限粒子所构成的物质最基础层面，说明了物质的质量、时间、空间是基于极限粒子而形成的理论依据，论述了宇宙所有事物及其现象都是基于极限粒子形成和分解的根据。
（3）统一信息论时空观解读了统一信息论意义上的空间与时间的实质，揭示了四大作用力的时空假象，不仅彻底颠覆了近代以来以牛顿为代表的绝对时空观，而且也完成了对现代科学理论的时空观的超越。
（4）统一信息论宇宙观（宇宙稳恒膨胀理论）论述了时间与空间的本质，描绘了宇宙灿烂的发展前景，该理论汲取了稳恒态宇宙学与宇宙大爆炸理论各自的有益成分，同时也克服了他们各自的缺点，是统一信息论时空观、稳恒态宇宙学、大爆炸理论等多种有益成分的有机结合。
（5）主体程序论根本性地解释了生命及其精神形成的原因和实质，指出了进化论的重大缺陷，并在此基础上，进一步解构并合理建构了哲学人文社会科学及宗教，使其完全打通了自然与社会、物质与精神之间的壁垒。
（6）新文明认知方式通过层层深入、由点及面的分析研究，论证了物质的微观层面、宏观层面的物理、化学、生物等所有可能述及方面的问题，指出了科学存在的巨大缺陷，合理地解释了许多科学所不能解释的问题，展示出新文明认知方式的全面先进性。
（7）总结出包括宇宙总规律（双子定律）在内的宇宙统一性机理，蕴涵着打开宇宙认知宝库的金钥匙，可以解读科学、哲学、宗教、人文社会科学等所有领域的认知现象，宇宙将变得彻底澄明。
该书的价值不仅在于其根本性地构建了真正的的大统一理论，还在于他的一系列重大发现。“统一信息论”发现了人类未知的物质始基层面、极限层面，发现了宇宙万事万物形成的根本原因，发现了宇宙根本就不存在科学的所谓四大相互作用，发现了生命及精神的实质及其形成机制，发现了人类社会发展的动因及发展方向。“统一信息论”的诸多理论观点和重大发现已被当代最新最前沿的诸多实验和发现所证实，诸如“量子纠缠”、“引力波发现”、美国的“思想影响物质研究”、伦敦帝国学院的“光转化为物质实验”、瑞典的“无中生有”实验、日本中央大学的“信息转化能量”实验等。此外，还有对人类许多已知基本问题和未知现象等所作出的更为合理的论证及阐释予以佐证。
本书还进一步强化了对生命形成与演化机制、精神实质、“灵魂”、UFo、暗物质、黑洞、外星生命、宇宙中心天体等未知现象的合理性解读，提出了积极向上的宇宙观并对宇宙发展趋势做了不同凡响的预见，为该书增添了很多趣味性知识元素。
全新多维的视角，极尽前沿的认知，宇宙清澈透明，人世万轮尽显。该书是对人类以往所有认识方式和知识体系的终结，完全颠覆了现代科学理论体系及其对当代人类认知的主导地位。但作者认为该书并没有穷尽人类的认知，而是新文明人在新世代征程的新起点。